“飞秒激光”手术的原理有两个，一个是光传输原理，一个是光爆破原理。
首先，我们来看它的的光传输原理：手术前，医生将患者的基本信息和手术数据输入电脑。手术中医生操作“飞秒激光”机，用压平锥镜将角膜压平，保持激光头到角膜组织中激光聚焦点的精确距离。飞秒激光机按照医生设定的模式传输激光脉冲,在眼角膜上进行各种靶向切削。简要地说，飞秒激光有着相当的精确定向性和精确定位性。
飞秒激光的光爆破原理：激光脉冲聚焦到角膜组织中，产生光爆破；每一个脉冲的光爆破，产生一个微离子；每一个微离子，蒸发大约1微米的眼角膜组织；蒸发眼角膜组织产生扩展的水泡和CO2气泡，水泡和气泡被眼角膜组织吸收，眼角膜组织因此被分离。
电脑控制的光学传输系统产生成千上万的飞秒激光脉冲, 这些脉冲按照密集的等宽度等间距的篱笆墙式的光栅模式，在同一深度聚焦产生光爆破，在眼角膜组织中形成一层微小直径的气泡，使眼角膜组织分离，形成飞秒激光的切削面。LASIK手术中制作眼角膜瓣就是运用的这种切削模式形成水平的分离面和垂直面。
飞秒激光脉冲还可以在角膜组织中进行任何角度和任何范围的堆砌聚焦，形成角度不同，范围不同的组织分离，所以，飞秒激光可以在角膜移植手术和lasik手术中对眼角膜进行片状切削，制作精美的植片和角膜瓣。
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